A Biblioteca do IME está localizada no 4º Andar da Instituição e ocupa uma área total de 416m2. A consulta ao acervo pode ser realizada eletronicamente via Internet. Todo o Instituto tem acesso ao "Science Direct" e ao Portal de Periódicos da CAPES. Ademais, em 2015, por meio do Programa Minha Biblioteca, o IME passou a contar com bibliotecas virtuais Artmed, Bookman, Artes Médicas, McGraw Hill Brasil, Penso, Tekne, Atlas, Guanabara Koogan, Santos, Roca, Forense, Método, LTC, EPU, e Saraiva. Em 2017, por meio do Programa Biblioteca Virtual Universitária (BVU), passou a disponibilizar também livros virtuais das editoras: Manole, Contexto, Intersaberes, Papirus, Casa do Psicólogo, Ática, Spcione, Companhia das Letras, Educs, Rideel, Jaypee Brothers, Aleph, Lexicon, Callis, Summus e Interciência.

O IME assina duas bases de e-books: Minha Biblioteca e Biblioteca Virtual.  As bases de e-books totalizam um acervo aproximado de 15.000 (quinze mil) livros eletrônicos disponíveis. A Base de e-books Pearson Education possui acervo aproximado de 8.000 (oito mil) títulos das seguintes editoras: Prentice Hall; Makron Books; e Addison Wesley,  além das editoras parceiras Ibpex/Intersaberes, Manole, Contexto, Cia das letras, Casa do psicólogo, Rideel, Aleph, Papirus, Ática, Scipione, Educs, Jaypee Brothers, Callis, Lexikon, Summus, Interciência, Autêntica e Vozes. A Base de e-books Minha Biblioteca possui acervo aproximado de 7.000 (sete mil) títulos das Editoras: Saraiva; Atlas; Grupo Gen; e Grupo A.

O IME possui acesso ao Portal de Periódicos da área de engenharia disponibilizados pela CAPES: http://www-periodicos-capes-gov-br.ez59.periodicos.capes.gov.br/index.php?

A biblioteca do IME possui ainda 33.548 livros impressos e 6.319 periódicos impressos, concentrados nas áreas de Ciências Exatas e da Terra, Ciências Biológicas, Engenharias, Ciências Sociais Aplicadas e Ciências Humanas.